Chương trình đào tạo tại phân hiệu Suối Nhạc Phú Nhuận tuân thủ chặt chẽ theo chương trình đào của hệ thống Suối Nhạc với phần thực hành trên đàn và phát triển tố chất nhằm tạo thêm sự hứng thú trong quá trình học âm nhạc của học viên.
Tại phân hiệu Suối Nhạc Phú Nhuận các học viên nhỏ có thêm sự lựa chọn vào các lớp đào tạo theo thời gian biểu là 2 ngày/tuần với thời lượng học là 45 phút/ngày.